Segunda parte: Desde la fusión de la Escuela Parroquial de Varones “María Auxiliadora” (1990) hasta el cierre de la Comunidad Religiosa San Francisco de Sales (2019).
En 1990 se oficializó la fusión del Colegio Salesiano de Lima y la Escuela Parroquial de Varones “María Auxiliadora” bajo el nombre de Colegio Salesiano “San Francisco de Sales”.
Al calor de la conmemoración del primer Centenario de la llegada de los Salesianos al Perú (1991), se abandonó el Uniforme Escolar Único y se adoptó una nueva simbología (el escudo actual), signos externos de este nuevo momento.
Esta etapa dejó también para la historia importantes logros deportivos (los campeonatos olímpicos de ADECORE en 1993, 1996, 1997, 1998, 1999 y 2000), hitos en la infraestructura del plantel (la construcción del Coliseo del Colegio en 1996, la remodelación del edificio de Primaria en 2011 y el nuevo frontis institucional en 2015, entre los más destacados), avances en la modernización de la gestión académica (adopción del sistema de intranet en 2006) y en la propia propuesta pedagógica (implementación del Paradigma Socio-Congnitivo en 2004 y del Socio-Constructivista en 2017), además de sucesos trascendentales para el carisma salesiano (la visita de la Urna de Don Bosco en 2010 y la celebración del Bicentenario del Nacimiento de Don Bosco en 2015, entre los más importantes) y reformas en la comunidad religiosa (el año 2015 se fusionó con la del Instituto, sin embargo, en el 2018 volvieron a separarse, entre otros cambios que concluyeron con su cierre en 2019).
Desde el año 2020 la dirección del colegio fue asumida por la gestión laical.
Actuación por el día de la madre en desaparecido patio de primaria donde hoy se erige el coliseo. Primera mitad de los años noventaIzamiento de la bandera del colegio en inauguración del año deportivo. 1994Construcción del coliseo del colegio. 1995Eucaristía en el coliseo recientemente inaugurado. 1996Padre Director Alcibiades Ramos con trofeos de Adecore. 1996Padre Director recibe trofeo de campeonato olímpico de Adecore. 1996Padre Director entrega reconocimiento a estudiantes destacados. Década del noventaEstudiantes realizando juegos salesianos en el patio de secundaria. Segunda mitad de los noventa.Algarabía estudiantil en el patio de primaria. Década del noventa.Estudiantes de secundaria disfrutando de las actividades por la Semana de la Gratitud. 1999.Padre Director Alcibiades Ramos preside celebración por Domingo de Ramos. Segunda mitad de la década del noventa.Estudiantes de primaria disfrutando de las actividades por la Semana de la Gratitud. 1999.Padre Director José María Domenech en clausura del año escolar. 2001.Padre Director Fernando Rodríguez celebra eucaristía en coliseo del colegio. Segunda mitad de la primera década del siglo XXI.Visita del Rector Mayor Pascual Chávez al colegio. 2006.Visita de la Urna de Don Bosco al colegio. 2010.Padre Director Martín Quijano brinda emocionada bienvenida a Don Bosco. 2010.Visita de la Urna de Don Bosco al colegio. 2010.Visita de la urna de Don Bosco al colegio. 2010Nueva fachada institucional remodelada por el Bicentenario del Nacimiento de Don Bosco siendo director el P. Jorge Atarama. 2015Rector Mayor Don Ángel Fernández inaugura nueva fachada, portería y exposición histórica. 2015Décimo Sucesor de Don Bosco se dirige a jóvenes reunidos en el Primer Encuentro de Promociones Salesianas. 2015Rector Mayor ingresa al coliseo del Colegio Salesiano rebosante de jóvenes reunidos por el Bicentenario de Don Bosco. 2015.Torre de la Basílica, símbolo del complejo salesiano de Breña, dominando el horizonte. Toma de dron de Tulio Mesta Exebio. 2019Mural polícromo del patio principal de secundaria, símbolo contemporáneo del colegio. Fotografía de Tulio Mesta Exebio. 2019Frontis del colegio. Fotografía de Tulio Mesta Exebio. 2019.Vista aérea del colegio en la actualidad. Toma de dron de Tulio Mesta Exebio. 2024.
